Бутстреп-анализ и визуализация деревьев в пакете PHYLIP.

Построение консенсусных деревьев.

Наша цель — проверить достоверность деревьев, которые были построены по результатам множественного выравнивания последовательностей, используя алгоритмы Bootstrap и Jackknife. Для этого используются следующие программы из пакета PHYLIP:

• seqboot — для построения множественных выравниваний, состоящих из случайно выбранных столбцов исходного выравнивания. В случае Bootstrap это выравнивания той же длины, столбцы которых получают последовательным произвольным выбором из столбцов исходного (схема "выбор с возвращением"), а в случае Jackknife — выравнивания половинной длины, из каждого из которых случайным образом выкинули половину столбцов;
• dnaml — для построения 100 деревьв по созданным ранее репликам. Используем дополнительные параметры, а именно T, отношение числа транзиций к числу трансверсий, которое в условиях нашей модели, как уже неоднократно повторялось, равно 1; для построения деревьев используется метод Maximum Likelihood;
• consense — для построения консенсусного дерева, т.е. такого, ветви которого встречаются в большинстве деревьев (Extended majority rule);

В результате мы получаем два консенсусных дерева. Цифры, которыми подписаны ветви, показывают число деревьев из ранее 100 построенных ,в которых встретилась данная ветвь.

Bootstrap	Jackknife
+------D +-99.0-| | +------C +100.0-| | | +------F +------| +-51.0-| | | +------E | | | +--------------------A | +---------------------------B	+------F +-56.0-| | +------E +-99.0-| | | +------D +------| +-98.0-| | | +------C | | | +--------------------A | +---------------------------B

Оба алгоритма проверки выдают одинаковое по топологии консенсусное дерево. Однако, она не соответствует реальной эволюционной модели.

Топология воссоздана неправильно. Возможно, это связано с тем, что короткая ветвь (ECD)|(ABF) была пропущена при анализе.
Значение этой ветки в Bootstrap равно 37,00 , а в Jackknife 35,00.

© Волкова Екатерина,2004